万历十一年（1583年），吏部会推宣大总督郑洛总督京营，四川巡抚孙光裕为南京大理寺卿，会推结果出来后，神宗很不以为然，便召来首辅申时行谈了他对此次人事变动的看法。

神宗说：“郑洛在边疆干的不错，现在放任京城闲职有什么意义？孙光裕去四川没多久为何又推升？”

万历十三年（1585年），万历在平台召见内阁阁臣商讨用人问题，这是中断了近百年的平台召对再次恢复。皇帝的意思是对于边将还是要久历地方，不能轻易变动。

接着，有人提出应从中枢中推选人才担任边帅，万历否定了这项提议，他说廷臣地方军政经验，应该从久历地方的督抚、巡按中挑选。在整个万历朝我们都会发现这个晏处深宫的君主居然有着洞悉一切人才的能力，他比那些宦海沉浮的官僚更能知人善任，只要是他要用的人，无论弹劾多么的惊涛骇浪，他也会毫不犹豫的抵住。

不仅在用人方面，皇帝在一些历史观方面也显示出了独特的见解。万历十六年（1588年）二月，经筵完毕，阁臣正要离开，司礼监太监张诚赶了过来，让诸位大臣等一下，皇上有话要问。

张诚说：“皇上问先生们，魏征这个人怎么样？”

申时行答：“魏征敢于直谏，乃是贤臣。”

张诚说：“皇上说魏征先侍李密，后侍建成，再侍世民，乃三姓家奴也。”

申时行答：“皇上说的是事实，但是伊尹先辅佐桀，后辅佐汤，后被称为元圣；管仲先辅佐公子纠，后辅佐小白，孔子称其仁；就是本朝的刘基、陶安、詹同辈皆是故元旧臣，他们也辅佐本朝太祖，所以，魏征仍是贤臣。”

张诚将申时行的话转达了万历，万历仍然坚持己见，他又让张诚去询问对李世民的看法。

张诚对申时行说：“皇上认为唐太宗胁父弑兄，非为明主。”

申时行说：“太宗虽然于伦理有亏欠，但他敢于纳谏，仍称得上是明君，皇上应当学习的楷模是尧舜禹汤，唐太宗何足言哉？”

张诚将申时行的话转达给了万历，稍顷，张诚又过来传达旨意，说以后在经筵中停讲《贞观政要》。第二天，皇帝又让张诚去内阁传话，重申了对魏征的看法，皇上说：“魏征忘君事仇，大节已亏，纵有善言，亦是虚饰，何足采择。”

万历十六年的这场关于魏征和李世民的讨论实际上发端于文臣在经筵中喋喋不休的讲述李世民纳谏的事例，意思是让万历也听从文官的谏言，皇帝自然对这样的事十分反感，所以这场对历史人物的讨论实际上反映了君主和大臣为了各自利益的斗争。

万历十八年（1590年）因为洮州事件皇帝再次谈到了以文驭武的问题，皇帝说：“各地督抚平日里把将官轻贱凌虐，牵制掣肘，不得展布，有事却才用他。如果边将有了功劳，督抚则将功劳居为己有，一旦出了事情，则将责任推给武将。”

皇帝的话令申时行支支吾吾难以回答，的确，在某些方面，这位呆在宫中的皇帝看问题还要比他这位首辅深刻。另外，从万历亲政以来的种种表现，他对帝国的文官制度或者说言官制度深恶痛绝。

在倒张运动彻底结束后，虽然朝堂上还有关于张居正的一些争论，虽然还有人将自己的政敌往张居正那个阵营攀扯，试图以此种方式消灭对手，但万历皇帝显然对这些事情已经不再发生兴趣，万历十三年关于张居正的一切争论已不再是帝国的政治议题。

从万历十一年到万历十四年皇帝在亲自处理政务中度过，他对用人、边防、农田水利都发表了自己的看法，这些看法无疑比内阁阁臣们更成熟。一个从未走出宫门，并无太多行政操作经验的皇帝竟然比辅臣看问题还透彻，只能说张居正之后的辅臣已经集体进入守旧状态，无人再敢革新，无人再敢担待。

当万历亲政后，他发现对于一些事情处理起来并不是那么顺利，官员们，尤其是低级官吏们不断加以阻挡，甚至是上奏疏指桑骂槐，在一些问题上他甚至要跟内阁大臣商量着来解决，也是在这个时候他开始对文官厌恶起来。

神宗与申时行之间的召对录是研究万历一朝的重要钥匙，申时行作为文官与皇帝之间的缓冲带，它直接反映了万历一朝君臣关系的走向。

一日神宗将首辅申时行唤进来，他从袖子里拿出来两份奏疏，原来是吏部员外郎顾宪成和刑部主事王德新的奏疏。顾宪成和王德新的奏疏主要是针对皇帝庇护内阁大臣而发，因为万历第二个十年局势依然艰难，文官们互相攻击诘奸，通常都是由一些芝麻大的小事情引发大的政治风波，从而导致一批人丢官，这些下野的文人更会在民间推波助澜，所有人关心的只是团体的利益，而不再是国家的利益、民众的利益，帝国终是滑向无序与混乱。

顾宪成和王德新在奏疏中要求皇帝维护科道言官的利益，不要对内阁阁臣太过于偏就，这正是那个时代的真实写照，申时行对顾宪成和王德新的处罚只