接着，他又说道：“朕与皇太子天性至亲，祖宗祖母都知道，小臣恣意妄言，离间我父子，真是奸臣。”这句话，皇帝连说了几遍，语气加重，以示警告。

然后，皇帝又扭过头来对朱常洛说：“你有何话？对诸臣说。”

朱常洛首先肯定了万历的意见，接着说道：“我父子何等亲爱，外廷有许多议论，尔辈为无君之臣，使我为不孝之子。”

虽然万历皇帝疯疯癫癫的说了一大堆，但他说的并没有自己的儿子到位，尤其是“无君之臣”这个词说的语气已经很重了，朱常洛似乎对于“梃击案”的真相察觉到了什么，不然的话，他不会说的这么重。

万历听他儿子这么说，也赶紧说道：“你们听见皇太子说的么，他说尔等离间，为无君之臣，将使他为无父之子。”

神宗说完，赶紧示意首辅方从哲回话。万历四十三年的这场闹剧就以这种方式结束了，张差、庞保、刘成被判死。最后皇帝再一次面对跪在地上的群臣抚摸朱常洛的头问道：“尔等俱见否？”

“都看见了，皇上。”

由于此次召见来人众多，慈宁宫外摩肩接踵，显得拥挤不堪，众人在退出的时候，队伍更显混乱，从来没有如此近在咫尺的一睹天颜、聆听教诲，群臣个个受宠若惊，莫不欢欣鼓舞，都说是四十年来未有之盛世。

万历四十八年（1620年）七月，万历驾崩，享年57岁。

在皇帝死后，朱常洛随即发布一系列诏令，从内库中发银补充军饷，召回矿税中使，补充缺位官僚。在万历临死前，他给儿子朱常洛交待了一件事情，那就是将来立郑贵妃为皇太后，朱常洛本是个性宽厚之人，对于父皇的这个要求他自然答应，因为此时皇帝的王皇后和自己的母亲王贵妃已经逝世。但此举与儒家礼法不符，因为郑贵妃并非万历的正室，而且她也不是朱常洛的生母，所以，这自然又遭到文官的反对。

在梃击一案中，因为太子朱常洛的出色表现，维护了万历和郑贵妃的声誉，同时郑贵妃也明白了朱常洛的地位已经是不可动摇，她改变了策略，开始讨好朱常洛。加上此时太子妃郭氏已经故去，所以朱常洛身边是缺乏女性的，郑贵妃开始陆续送了一些女人给朱常洛，其中朱常洛后来所宠爱的妃子李选侍就是这个时候送来的。

皇宫中的皇子们由于食物过于精细，以及长期缺乏锻炼的生活，所以体质大多不好，而朱常洛又是在担惊受怕的环境下长大。万历四十三年，通过东林党人运作梃击案，才使朱常洛的地位得到改观，他终于可以轻松了，按照一般历史观点，在这五年当中，他的房事过于频繁，对于身体损耗过大。万历驾崩后，他又连续处理了二十天公务，所以从万历四十八年八月一日登基起，到八月十日他便病倒了。

八月十四日，朱常洛服用了管御药房太监崔文升的药，当天夜里腹泻不止，第二日病情更加加重。这个时候，朱常洛已经意识到自己快不行了，便于当月二十九日召见群臣商量后事。在此之前，有鸿胪寺官员李可灼献上红丸一枚，但鉴于崔文升用药不当导致病情加重，所以，首辅方从哲便禁止皇帝用此药。

皇帝听说有此事后便让李可灼进药，死马当活马医，由于此种红丸包含有金属成份，人食用后会感到兴奋。二十九号皇帝服用了一粒，感到效果较好，到了夜晚又服用两颗，第二天，也就是九月一日凌晨，皇帝去世。

那么新皇帝的死因究竟是什么？朱常洛由于长期的心理负担，大约一直便有慢性病，在父皇死后，由于操劳过度，导致疾病复发，加上崔文升用错了方子，所以，到了此刻，朱常洛已经走到了生命的尽头。至于服用红丸，不过是加速了他的死亡而已。事后，东林一系的人借此大做文章，他们攻击郑贵妃，说是贵妃郑氏指使崔文升和李可灼用药害死了朱常洛。实际上，郑贵妃没有害朱常洛的理由，朱常洛对郑氏还算尊重，万历死后，郑氏就想争个皇太后，如果朱常洛死去，他成为皇太后的可能性就终结了。垂帘听政更不可能，在早已成熟的文官政治下，君主政治和女人政治在帝国早已结束。

除了攻击郑氏，东林党更将矛头对准具有浙党色彩的首辅方从哲，由于万历皇帝坚决不用东林党的人，所以，东林党企图利用红丸案进行全面翻盘。如此以来，红丸一案就具备了浓厚的党争色彩。

东林党对方从哲的非难是因为方从哲按照光宗遗诏对崔文升、李可灼进行了褒奖，从此也可以看出，光宗对自己的病情是知晓的，绝非药物能够改观。方从哲对崔、李二人的褒奖似乎做实了某种口实，面对东林党要求处死两人的要求，方从哲又将崔文升票拟为司礼监处理，将李可灼票拟为罚俸一年，后又改票为驱逐回乡。

东林党对方从哲的攻击就由此而来，在方从哲抵挡住的情况下，他们又把矛头对准了乾清宫的那个女人。李选侍是泰昌的宠妃，万历死后，郑氏想运作皇太后，她则想运作皇后，现在泰昌一死，郑氏则想运作太皇太后，李氏则想运作皇太后，如若想达到这个目的，只有将朱由校控