，而皇帝对内阁唯唯诺诺。实际上，高攀龙是正话反说，他知道内阁是奉了皇帝的旨意，但又不好在这个事情上对皇帝发难，只好采取这种指桑骂槐的办法。

杨应宿立即针锋相对，他指责高攀龙上疏是顾宪成在背后挑唆，吏部这帮人专以跟内阁作对为时尚，并指责吏部诸位大员贪赃。皇帝对杨应宿的弹劾十分感兴趣，杨应宿的话涉及两个话题，一是1592年的这场政治攻击，顾宪成是幕后操作者，二是吏部官员贪赃，一旦贪赃落实，可以名正言顺的打击他们，二来通过抄家也可以缓解宫中开支紧蹙的局面。

万历皇帝亲自批示道：近来小臣不修本职业，喜爱搬弄是非，该部院会同该科从实询问杨应宿，何以吏部贪赃，何以高攀龙为顾宪成指使；又问高攀龙，何以朕一事不管，亲批亲点，俱出辅臣之意，明白回话，不许徇私党护。

皇帝前面的批示表面上看是斥责杨应宿不修本职，实际上是鼓动杨应宿继续发挥能量，而后面对高攀龙的斥责明显是为王锡爵开脱。结果，高攀龙没解释出来个所以然，杨应宿也没有吏部官员贪污的证据，这样，皇帝将杨应宿和高攀龙两人俱贬到了外地。随后，吏部尚书孙鑨和吏部文选司郎中顾宪成也被王锡爵票拟回家。

接着，又有一些官员弹劾王锡爵，神宗无一例外的进行了处罚，此时，王锡爵已经累了，他已经帮皇帝搞掉了一大批官员，因为皇帝要罢免哪位官员必须经过内阁票拟，所谓的官员们恨王锡爵正是基于此。万历二十一年王锡爵出山，到万历二十二年王锡爵再次致仕，他任首辅有一年半的时间，在这一年半的时间里，锡爵做了两件事情，一件是逼迫皇帝让皇长子出阁读书，第二件是帮皇帝搞掉一批找事的低级官员，完成这件事情后，他便向皇帝提出致仕。万历自然舍不得王锡爵走，但锡爵去意坚决，皇帝也只好作罢。

整个万历四十八年时间里，对帝国做出贡献最大的就是这位王锡爵，可是多年后在那个风雨飘摇的时代，没人再记起他，或者仍然记起，但是却不愿意提及。没有人知道万历二十一年时事的艰难，首辅为了国本问题所形成的正确解决思路。

当王锡爵离职回家后，赵志皋再次成为首辅，帝国似乎又重回申时行时代，一个在君主和低级官僚之间跳舞的时代。赵南星、顾宪成已经离开朝堂，高攀龙被贬到地方做小官，也没有什么意思，很快三个人将无锡县东郊的东林书院修正一下重开已经被张居正禁止的书院讲学。

事实表明，东林书院就是失败者的乐园，精神沮丧者的疗养地，大批在万历朝被斥退的官员来到那里，他们整日发表空议来获得精神上的寄托，从地方骂到朝廷，从朝廷骂到地方，不仅如此，还有一批在朝的低级官僚也跟他们遥想呼应，多年以后这批以低级官僚为主，为低级官僚争取民主权力的党派被冠名以东林党，其发生的原因是整个明王朝参政议政群体的扩大和舆论权力下移的结果，这一切都依赖于商品经济的发展。随着东林书院的建立，以及参加这个组织人员的扩大，东林书院可以看作中国历史上第一个资产阶级性质的团体，它的参与者所秉承的意志与理念也可以看作中国历史上第一个资产阶级纲领。

面对东林党的结社，其他人士也纷纷结党自保，赵志皋之后的首辅沈一贯拉拢在朝的浙江籍人士组成浙党，在朝的湖广籍人士组成楚党，山东籍人士组成齐党。12年后，1605年的京察又如期展开，在浙党领袖，内阁首辅沈一贯的主持下，东林党再次遭到了打击，但以沈一贯为首的内阁派也受到很大创伤，在两年后，当有御史再次弹劾他的时候，他便被迫致仕。

从万历二十一年（1593年）开始运作，一直到万历三十三年（1605年），东林党政治运作的效益并不高，而且还很拙劣，基本上属于自娱自乐，其关键问题是没有核心人物能够进入决策圈。大约从上个世纪90年代中期起，一位叫做李三才的人进入到顾宪成的视野。

李三才是万历二年的进士，因为弹劾张四维和申时行而遭到贬官，李三才跟顾宪成秉性相同，好发表议论、结交朋友，活动能力强。当三才担任凤阳巡抚又总督漕运的时候，三才成了反对税使官员中最猛烈的一个，而且他还唆使地方势力杀税使，这又使得三才在缙绅中享有极高的威望。

当沈一贯离去的时候，皇帝对内阁次辅沈鲤十分憎恨，因为沈鲤在一些事情上跟万历作对，皇帝便命沈鲤跟沈一贯一同致仕。此时内阁还留下了朱赓，朱赓跟王锡爵、沈一贯一样，在大事上跟皇帝保持一致，经过吏部的会推，皇帝又将李廷机、叶向高补进内阁，但皇帝仍将首辅的位置空在那里，他想将王锡爵召回内阁来担任首辅。

帝国的内阁大学士拥有密揭专奏的权力，此种密揭不需要通过通政司，可以直接上达天听，也就意味着不必公开。

万历三十五年，王锡爵给皇帝上了一道密揭，密揭上是这么说的：

臣窃见近来邸报，奸邪结党，倾害忠良，朋比行私，要名讪上。甚者称倾朝为叔李，目皇上为庸主，揣摩逞臆，颐指捏诬，不能悉举。且以