而李三才的上疏更加措辞激烈，他在万历二十八年（1600年）上的《请停矿税疏》中说道：“陛下为斯民主，不惟不衣之，且并其衣而夺之；不惟不食之，且并其食而夺之。皇上爱珠玉，人亦爱温饱；皇上爱万世，人亦恋妻帑。奈何皇上欲黄金高于北斗，而不使百姓有糠粃升斗之储？皇上欲为子孙千万年，而不使百姓有一朝一夕？”

李三才极尽夸大之能事，将一个区区商业税说的有如天崩地裂一般，其实质问题仍是他们背后所代表的利益集团。高攀龙祖上世居无锡，从他的高祖起家中就有田三百亩，而其祖父高材则是亦官亦商，其父高梦龙则经营放贷行业。

而另一名上疏的李三才，其家族本就是北京通州张家湾的商人，而此次增加商业税收，张家湾本就是个重点，加上李三才总督漕运，一旦由宦官在运河沿岸收税，那么由其漕运衙门征收的税额只能减少而不会增加，所以，此次万历派出税使征税还涉及一个中央和地方利益关系问题。

田口宏二朗在《畿辅矿税初探——帝室财政、户部财政、州县财政》一文中指出：

“明初以来，在全国府州县城、镇市里设有税课局，经过这些地点的客商们，必须得缴纳商税才能获准通过。然后，从16世纪初开始，伴随着宝钞的贬值，各地陆续关闭了许多税课局，不久，折银交纳商税，牙行承包征税的现象逐渐普及起来。随着上述趋势的盛行，商税在州县等地方机关里渐渐成为重要的财源，各个牙行承包征收商税业务以后，各地争先恐后滥立牙行。地方官们付给他们牙帖，以他们所交纳的商税来填充地方政府的经费。并且，16世纪开始折银交纳商税的现象普及以后，地方官们又都把这项收入编入了定额条鞭，这更加减少了这项税目的伸缩性。”

田口的这篇论文解释了两个存在的问题，一个是商业税收从16世纪开始便成为地方政府财政的来源，二是地方政府征收的商业税收是定额，一旦皇帝派宦官加征的话，势必减少他们所征收的额度。

除此之外，李三才在朝中向来是以擅长捕风捉影、造谣中伤来博取美名而闻名，其本人平日里生活奢侈无度，缺乏检点。李三才曾对顾宪成说过，他自己“耻效俗人饰边幅，装格套于青天白日之下，作鬼魅技耳”，他也在给皇帝的奏疏中说，“用人不必择贤者，有才即可”，一次顾宪成路过凤阳的时候去拜访他，头一日饭食简便，第二日饭食豪华，宪成不解，他笑道：“今日从漕运上收了点小钱”。

正是三才平日里豪放不羁，不注意言行，才导致不断有御史抓住三才把柄对他进行弹劾。大明宫室里所用的皇木大都取自贵州，沿沅江流入长江，然后再沿京杭运河运到京里来，而皇木卸下来的终点就是北京通州的张家湾，而李三才身为漕运总督，其家又在张家湾，这都给他偷盗皇木提供了有利条件。

万历四十二年（1614年），御史刘光复劾李三才偷盗皇木，用于营建私宅，而工部侍郎林如楚也指出皇木的确有丢失情况，在这种情况下，皇帝便派林如楚会同科道官员前往三才位于张家湾的家中查看。查看结果令人结舌，三才家中瑰丽神奇、崔巍广大、势甚铺张，有一座花园，前后半里，乃是当年皇厂的地基，而大门与二门之间又为原来户部仓库地基，三才不仅侵占皇产，而且侵占官产。我们知道通州乃是运河的终点，从南方运来的木材和粮食都在这里卸载，所以这里通常都建有皇厂和粮库。不仅如此，三才家中所用木材都是南方杉木，而且“出卖无主，报税无票”，工部官员既然查勘属实，三才自然难逃罪责。

此时，三才已于万历三十九年辞去职务，闲居家中，所以，神宗最终也是给三才免去“士”的身份，削为民了事。

既然李三才身上有这么些不检点之处，那么其奏疏的份量就可想而知。面对群臣反对商业税的奏疏，皇帝一概留中，不予理睬，在这种情况下，士大夫自然不会善罢甘休，他们便煽动市民暴动。

万历二十七年（1599年）四月二十四日，山东省临清三四千脚夫包围了临清税使马堂的衙门，从衙门里冲出来的兵丁将外面带头的抓了几个进去，这时候外面有人带头高呼：“里面杀人了！”在此人的吆喝下，外面的人一起冲了进去，将税厂焚烧，殴打、踩踏死了四十几人。

同年七月，御马监太监陈奉在湖广荆州遭到数千市民投掷石块，随后陈奉在沙市、黄州又遭到市民驱逐。不久，武昌、汉阳万余人包围了陈奉的税厂，众人向里面扔石、放火，好在巡抚带兵火速驱赶了这些围攻的市民。

武昌兵备佥事冯应京弹劾陈奉九大罪状，神宗接到奏疏革去冯应京官职，接着，湖广的一些地方官也上疏弹劾陈奉，皇帝将这些上疏的官员全部免职。当锦衣卫抵达武昌宣布冯应京等人罪状的时候，武昌数万市民发动暴动，再次包围了税厂，陈奉逃到楚王府里一个月不敢露面，市民们焚烧了税厂，并将税厂里的六名办公人员打死投入长江。

而万历三十四年(1606年)正月的云南民变