虽说努尔哈赤动了除掉弟弟的念头，但这个所谓的“除”还仅仅是指从政治上排挤掉他，并不是真的动了杀心。毕竟，他们兄弟俩从小相依为命、是这个世界上最亲的人；毕竟，这个弟弟是他一手带大的，自己对他可谓是如兄如父；毕竟，这份基业，是他们兄弟二人一起拼死斗争得来的……他努尔哈赤并不是一个冷血无情、贪图虚名浮利的人。他一向顾念亲情，又怎舍得对自己的幼弟痛下杀手？

然而，努尔哈赤这样想，舒尔哈齐却未必顾念他的这份恩情。

万历三十五年三月，蜚悠城的一小支女真部落，由于不堪忍受乌拉部布占泰的奴役，想来依附努尔哈赤。努尔哈赤闻讯，立刻派出舒尔哈齐和自己的儿子褚英、代善领兵三千，前往收编。

这原本是一桩小事，但由于这种做法会损害布占泰的利益，因此他的“亲家”舒尔哈齐不乐意了。当他们行至半途时，他就故弄玄虚地对同行的将领说看到帅旗上有一层淡淡的幽光，觉得不祥，因此想要退兵。

褚英、代善闻言，觉得荒唐至极，因此坚决反对。舒尔哈齐见拗不过他们兄弟二人，只能作罢。一行人到达蜚悠城后，进行了交接，然后就带着新收编的五百部众踏上了返程之路。

回去的路上，布占泰得知自己被人挖了墙角，大怒，于是立即带了一万骑兵赶来拦击。建州军只得在敌我力量极其悬殊的情况下摆阵迎战。

但就在这种众寡悬殊、建州军处于劣势的情况下，舒尔哈齐却仍一心惦记着自己与布占泰的关系。他竟然不顾侄子们的死活，擅自带着自己的五百人马退到了一边观战，只留下褚英、代善率军英勇奋战！

最后，经过浴血奋战，褚英、代善虽然打败乌拉骑兵，但舒尔哈齐的自私冷血却已经袒露无疑！

他们一行人班师回朝后，义愤填膺的褚英兄弟俩就将叔父这种令人发指的行为告诉了自己的父亲。努尔哈赤闻言，自然勃然大怒。他立刻逮捕了舒尔哈齐的手下，准备将他们以临阵脱逃的罪名处死。

努尔哈赤这么做，一来是想借机剪除舒尔哈齐的左膀右臂，二来也可以起到杀鸡儆猴、敲山震虎的作用。结果，舒尔哈齐的反应十分强烈。他怒气冲冲地直接冲到努尔哈赤面前，大嚷大叫，说杀属下就等于是杀他，因此拼死力保属下，誓不低头。兄弟俩由此对峙，大有决以死战的阵势。

最后，努尔哈赤为了避免冲突，还是做出了让步。他没有处死他们，只是罚了钱、夺了人马，并同时剥夺了舒尔哈齐指挥军队的权利，将他排挤出了最高军事领导层。

走到这一步，努尔哈赤对弟弟还是顾念亲情的，可是舒尔哈齐却并不这样想。

受到处罚之后，舒尔哈齐的地位一落千丈，瞬间成了一个有名无实的人物。他没有理解哥哥的苦心，反倒痛感自己与努尔哈赤势难并存。于是，竟悄悄与长子阿尔通阿，三子扎萨克图商议，打算另立门户，与兄长分庭抗礼。

很快，他的想法得到了儿子们的响应。于是，他说干就干，带着几个儿子和少数部下来到了黑扯木，并在那里伐木建房，开辟出了新的根据地。

为什么他要选择黑扯木呢？原因很简单，因为那里临近明朝的军事重镇铁岭，可以直接得到明朝的军事保护；而在他的东面又与乌拉部接壤，如果受到侵犯，他们便能随时得到盟友的援助。

舒尔哈齐的这种做法让李成梁看到了一个分化女真的大好时机。于是，他火上浇油，故意挑起矛盾，上奏朝廷册封舒尔哈齐为建州右卫首领。

注意，是建州右卫首领，这可不是一个小官职！这是明朝在辽东地区设立的最高地方军事长官！

面对弟弟的所作所为，努尔哈赤虽然愤慨，但还是尽可能地保持着理智。他一开始还想着挽回，于是就派了说客前去劝说舒尔哈齐放弃自立为王的念头，然而，此时的舒尔哈齐已经是吃了秤砣，铁了心，根本听不进劝。

在多番劝说无效的情况下，努尔哈赤只得采取了强硬措施，于万历三十七年三月，率兵诛杀了舒尔哈齐的两个儿子——阿尔通阿和扎萨克图。与此同时，他的部将武尔坤也被处死。

痛下杀手的努尔哈赤在连杀三人后还是余怒未消。他打算将舒尔哈齐的次子阿敏也一并处死。皇太极等人见状，怕父亲日后会后悔，于是极力求情，结果，阿敏才逃过一劫，免于一死。不过，他死罪虽免，但家产却被没收了一大半。

此时的努尔哈赤，完全成了一头暴怒的狮子。面对兄长杀红了眼的状态，舒尔哈齐失去了继续抗争的勇气。

他知道自己的实力远不如兄长，而他所指望的靠山——驻扎在辽东的明军，也是自身难保，根本顾不上他！在万念俱灰的绝望处境下，舒尔哈齐只得回到了兄长的身边。但是这一次，努尔哈赤不再讲兄弟情谊了，他虽没有杀他，但还是将他囚禁在了一间暗室之中，并且用铁链锁住，只留了两个小孔给他送一日三餐。

两年后，痛苦不堪的舒尔哈齐在囚禁中死去，时年四十八岁。舒尔哈齐死后，他的后代并没有因