下面的六部中只设尚书、侍郎为长官或副长官，负责主持各部事务。各部所属司级机构，除户部因事务繁多未多加减少外，其他五部裁减了各个机构，并明确了各自的职级和责任，对上对下的办事效率也有了大大的提高。

建炎初，应对金人的侵略、加强对地方的控制力度，朝廷设御营司主掌兵权，由宰相和执政兼任御营使和御营副使，中枢与军事最高机构合并，后又设诸路军事都督和三衙等，以方便军事上的临阵指挥；地方上设置招讨司、宣抚使司、镇抚使司、制置使司等诸司，负责地方上的军事。

建炎末年，太上皇周构收回地方军权之后，又恢复原枢密院管军旧制，但三院两府已经比以往有了的缩减。天子周复又按原来太子行在的机构，把原来有作战事务的枢密院变成了参谋机构，行在的谋士团大部了枢密院任职，原负责调兵的太尉府被撤消。

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