俘者不计其数，华州、兰田相继失守，与此同时，有吃无进，长安的粮食也快吃光，黄巢是雪上加霜。

四月，唐各藩镇军队以及李克用部、叛变投降的朱温部从四面八方汇聚围攻长安，黄巢亲率大军于渭桥迎战，一日三次激烈战斗，由于寡不敌众齐军均宣吿失利，失败之后，黄巢首先确保了通过山岭去蓝田的道路，最后连夜撤离了京师。

黄巢从京师的撤退是比较有秩序的，15万军队经蓝田关进入陕西商山，在撤退中，还有意把辎重、珍货丢弃在路上；与之形成对照的是无纪律的各路官军的迅速推进，他们抢劫和破坏了长安的剩余之物，使那些尚存的宫殿之物荡然无存，追击路上还沿途争抢财物，不抢白不抢啊！眼睁睁地看着起义军远去。

尽管失去京师，遭遇失败，黃巢的军队仍是相当强大的。五月他派大将孟楷率万人进攻河南蔡州，这是关中以外参加进攻京师之战的少数藩镇中的一个。进攻一开始，节度使秦宗权立即投降，与黄巢合流。

下一个目标是陈州﹝今周口市淮阳县﹞,，它位于河南中心，是忠武镇的一部分。黄巢对它怀有强烈的仇恨，因为在以前向他进攻的许多战役（从叛乱初期的宋威和张自勉等人的征剿一直到偷袭京师的战役）中，忠武军都打了先锋。老龟精陈州刺史赵犨知道他的城市很可能是黃巢讨伐的下一个目标，便早早作了准备。

陈州在城市四周建立了相当坚固的防御工事，并制作了大量的盔甲和武器，储备了充足的粮食。20英里范围以内的人都被强行驱赶入城内。大批壮丁被征招入伍，由赵犨的儿子和兄弟指挥。

老奸巨猾赵犨的努力没有白费。在蔡州轻易取胜的孟楷信心满满地开始向陈州挺进。赵犨得知其麻痹大意，便发动一次旋风一般的袭击，万余孟楷军队猝不及防，几乎全被杀死或成了俘虏。孟本人也遭俘虏，并被杀死。

孟楷的失败和死亡使黃巢大为震惊，他沒想到小小的陈州竟然敢杀死他最亲近的大将，立时将全军向东迅速调动，并屯驻在陈州东南的溵水，这里是近四年以前政府军试图建立联合防御以阻挡他向洛阳前进的地方。六月，黄巢和秦宗权联合围困陈州。

死硬的赵犨誓死要保卫陈州，并宣布凡建议投降者将处以死刑。他选择把精锐部队开出城外，向围城军队发动疯狂的袭击，黄巢军损失惨重，而他也进一步被激怒了，动员将士日夜兼程挖掘了五重壕沟，发誓攻进城内为孟楷报仇。

秋风秋雨愁煞人。自立秋过后，老天爷似乎就沒有开过眼，不是阴霾密布就是秋雨绵绵，正像这凄凉的天气一样，黄巢军的进攻一直沒有进展，战斗一直拖到了冬季。

尽管每一边都作了认真的准备，但供应是越来越少，陈州城内因粮草要优先提供部队，所以有许多居民饿死。与此同时黄巢的兵马攻占了河南的12个州，不顾一切地为围城的军队搜索粮食和物资。

为了应付全军粮食的供给，据说黄巢以人肉为粮糗，数百巨锤，同时开工，成为供应军粮的人肉作坊，无论男女老幼，悉数纳入巨舂，称之为"捣磨寨"。﹝此说为旧唐书官方所载，系一家片面之词，笔者认为不可不信，也不可全信，毕竟太夸张了，因为如果是大范围的，必然流行瘟疫，起义军恐怕早就不战而亡了﹞

当陈州的形势渐渐陷入绝境时，无奈的赵犨向邻近各州迫切地要求援助。

耗时日久，花费大量兵力围打陈州是黄巢退出长安后得不偿失最大的一招臭棋，他被仇恨蒙蔽出了眼睛，不仅丧失了先前"游击战"的灵活性，还给了唐廷调兵遣将、重新部署的机会。很快忠武（陈州平时归它节制）节度使周岌从东面派来军队，武宁的时溥从西面前来支援，这时叛变投敌任宣武节度使的朱温，也从北面来到。

令人啼笑皆非的是，这三个人现在的官位都应归功于黄巢：朱温是作为他手下的一名军官得以发迹的，周岌和时溥是在879年黄巢北上的混乱时机夺得权力的。但在这时唯一重要的考虑是维持各自的地方据点，而对于这些将帅来说——他们实际上是地方军阀——黄巢的军队是严重的威胁。仅仅因为各自的切身利益才激起他们共同来反对黄巢。

尽管敌方援军对他施加巨大压力，黄巢的军队对于任何反对他的单个将帅来说仍是非常强大的，而他们也没有作出认真的尝试去联合进攻黄巢。

朝廷再一次感到有必要请求外援，于是李克用又带着一支5万人的军队南下和各地前来的节度使们同黄巢的黄思邺部在陈州附近的西华(今天河南境内)前后进行了几次大战，给黄巢军造成了严重的损失，齐军被迫退到故阳里(今淮阳北部)，陈州之围遂解。

884年五月，黄巢从陈州撤围后，又遇夏日连续暴雨，军营皆为大水漂冲毁坏，只得引兵向汴州方向奔进，尚让率五千精锐兵卒直逼大梁（今河南开封）。

朱温得知"老领导"前来问罪，慌忙向沙陀人李克用求援。沙陀爷们性子急，接到告急信后马上手就发痒，又爽快地率军从许州（今河南许昌）出发，在中牟（今河南开封西