朱纨又从人员的管理入手，强化了保甲制度。他认为“惟沿海官兵保甲，严加防范，使贼船不得近港湾泊，小船不得出港接济。贼船在海久，当自困，相机追击，乃胜算耳。”保甲制度推行不久就收到了显着的成效，“旬月之间，虽月港、云霄、诏安、梅岭等处，素称难制，俱就约束”。

为了加强对走私行为的打击力度，朱纨还利用嘉靖特批的“便宜行事”之权，对走私行为施以重典。他要求属下对佛郎机、倭寇、中国海盗，以剿灭斩杀为主，以安抚为辅。朱纨的种种手段，虽然狠狠打击了倭寇的气焰，但是也使得东南沿海的商人、士大夫丧失重利，视朱纨为仇敌。

兵部侍郎詹荣、巡按福建御史陈九德、兵部尚书翁万达等人相继弹劾朱纨擅自杀戮。朱纨自知不免，写下绝命辞“吾贫且病，又负气，纵天子不欲死我，闽浙人必杀我。我自决之，不须人也。纠邪定乱不负天子，功成身退不负君子。吉凶祸福，命而巳矣。命如之何，丹心青史。”服毒自尽。

朱纨死后，朝廷罢去了提督海防军务的职务，东南沿海的海防日渐废弛，倭寇逐渐猖獗起来，每每滋扰大明东南沿海，令东南各省不厌其烦，要知道东南可是大明的财赋重地，若是东南不稳，大明的漕运就要受到影响，支应九边驻军的粮饷都成问题。

俞大猷的这个上书，当然会引起嘉靖的注意，这可不是小事，朱厚熜当然要过问的，严嵩想了想说道“原徐州兵备副使李天宠，曾在通州、如皋击退进犯的倭寇。可迁为提督浙江备倭，原右佥都御史巡抚山东王忬，善于军务，可掉巡抚浙江，统筹备倭。”

徐阶也表示同意，朱厚熜于是说道“那就照此办理吧！”

徐阶回到直庐，汗水已经湿透了衣衫。