孝武帝当时专宠后宫张贵人。

由于太原王氏分裂，孝武帝于是从琅琊王氏为皇太子选妃，借以增强皇太子的势力。

王神爱刚刚嫁入皇家没多久，就遭遇了政治危机，张贵人因自己无子，又深恐年老色衰后被孝武帝抛弃，就和会稽王司马道子密谋，将孝武帝杀害，司马德宗即位，王神爱成为皇后，由于孝武帝死得突然，事前也没有做出安排，大权落入司马道子父子手中，年幼的晋安帝成了傀儡。

由于孝武帝死得蹊跷，太原王氏中支持孝武帝的一派对司马道子专权非常气愤，也对太原王氏中支持会稽王的一派很是气愤，隆安元年，孝武帝皇后之兄、兖州刺史王恭联合豫州刺史庾楷以“诛杀尚书左仆射王国宝、清君侧”的名义发动叛乱，王国宝祖上是曹魏司空王昶，王昶之孙王承官至汝南太守，封蓝田侯，为东晋第一名士，王承之子王述官至尚书令，王述之子王坦之官至中书令，王坦之第三子就是王国宝，娶谢安的女儿为妻，堂妹是司马道子的王妃，反正是太原王氏清理门户，司马道子干脆杀王国宝，王恭退兵。

次年，司马道子继续重用王国宝的哥哥王愉，王恭、庾楷联合荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄再次叛乱，这一次矛头直指司马道子父子，叛军一直攻到都城建康附近，王恭被杀，司马道子之子司马元显在这次镇压叛乱中起到了主要作用，于是司马道子退位，司马元显执政，晋安帝还是处于傀儡地位。

隆安三年，司马元显征调佃客到建康以充实军队，此举引起人心不稳，五斗米道教主孙恩趁机率众起义，一时之间有八个郡加入了叛乱，孙恩据守会稽，自号征东将军，司马元显派徐州刺史谢琰与镇北将军刘牢之前往镇压，隆安四年，谢琰战死，孙恩被刘牢之赶回海岛，隆安五年，孙恩多次对朝廷军队发起进攻，在平定孙恩叛乱的过程中，涌现出一位年轻的将领刘裕，他是以后刘宋的建立者。

朝廷为了镇压孙恩叛乱，耗尽了财力，而一直未加入这场纷争的荆州刺史桓玄趁机在元兴元年起兵，北府军首领刘牢之向桓玄倒戈，起义军攻入健康,司马道子父子被杀，桓玄控制了东晋政权，桓玄自任丞相及荆江徐三州刺史，以桓伟出任荆州刺史、桓修为徐、兖二州刺史、桓石生为江州刺史、桓谦为尚书左仆射，不久又自任太尉、平西将军、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名，改元大亨。四月，桓玄出镇姑孰，辞录尚书事，遥控朝廷，东晋皇室陷入危机。

大亨元年，桓玄自封为丞相，划南郡、南平郡、天门郡、零陵郡、营阳郡、桂阳郡、衡阳郡、义阳郡和建平郡十郡，让晋安帝封自己为楚王，加九锡，十一月，桓玄加冠冕至皇帝规格的十二旒，又加车马仪仗及乐器，楚王妃改称王后，楚世子改称太子，二十一日，晋安帝禅让，迁永安宫，太庙的晋朝诸帝神主搬至琅邪国，十二月三日桓玄正式称帝，改元永始，晋安帝降平固王，忠于东晋的王神爱忧愤而死，谥安僖皇后。

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