@与清议和

清军两度大败后，于永历七年八月遣使与郑成功议和。郑成功见军队征战连年已然兵疲马困，也想借此机会筹措粮饷，稍事休养，于是便答应与清朝谈判。清廷拟封郑成功为海澄公，并承诺给予一府（泉州府）地方安顿兵将；这样的条件不为郑成功所接受。

@屡愆军期误大事

永历八年，南明西宁王李定国与郑成功联系，希望从东、西合力进攻广东，则明朝势力得以合流，若再沿长江北伐，攻赣、皖、苏各省，则复兴大业有望矣。郑成功派林察、周瑞督军西进，却因故延误了与李定国的约期，致使李定国孤军奋战，虽克复肇庆，却于广州城外大败而回。李定国本来对与郑成功会师北伐，抱有很大期待，甚至促成李、郑联姻来巩固盟谊；但却因郑成功屡愆军期而误了大事。

@尊重体制

永历九年（1655年），因为永历帝和郑成功势力相隔遥远，永历帝特准郑成功设置六官及察言、承宣、审理等官方便施政，同时允许他委任官职，武官可达一品，文职可达六部主事。郑成功每次拜封官员，都请朱术桂和明朝宗室在旁观礼，以示尊重体制。郑成功同时将厦门（当时称中左所）改名为思明州，并建造演武亭，以便郑成功亲自督察官兵操练。

@控制海权

起兵后的十多年，郑成功的据地仍然只以厦门、金门等沿海岛屿为主。但是郑成功完全控制了海权，一方面深入内陆广设商业据点〈山五商〉，开辟货源以和外国人贸易来累积资金；一方面以此募兵（包含日本、白人、黑人等外籍佣兵）及进口盔甲、铳炮、刀剑等武器来筹备军力、军备；又以内陆的商业据点为基，发展情报组织洪门。

@长江、南京之役

永历十二年（1658年），郑成功统率水陆军十七万与浙东张煌言会师，决定大举北伐。大军进入长江之前，于羊山海域遭遇飓风，损失非常惨重，只得暂且退回厦门。隔年，郑成功再次率领大军北伐，会同张煌言部队顺利进入长江，势如破竹，接连攻克镇江、瓜洲，江东一时震动。后因郑成功中清军缓兵之计，意外遭到清军突袭，致使郑军大败只好全军退回厦门。南京之战先盛后衰，以大败收场，使郑成功的反清大业受到致命挫折。

@进军台湾

北伐南京失败后，郑成功所部元气大伤，并且面临军粮不足的问题。为了解决大军的后勤给养，郑成功决定前往台湾。永历十五年（1661年），郑成功亲率将士二万五千、战船数百艘，自金门料罗湾出发，经澎湖，向台湾进军。

@进军策略

荷兰于台湾拥有两大防御要塞，一为位于大员的热兰遮城（FortZeelandia，今台南市安平古堡），二为位于台江内陆赤崁地方的普罗民遮城。四月初一（1661年4月30日），郑军经由鹿耳门海道进入台江内海并于禾寮港（今台南市北区开元寺附近）登陆，意图先求取防御薄弱的普罗民遮城（Provinta，今台南赤崁楼）。

@攻取普罗民遮城

郑军在台江海域与荷兰军舰展开海战，击沉荷军舰Hector号，取得台江内海控制权，并同时在北线尾地区击败荷兰陆军，以优势兵力包围普罗民遮城。不久，于四月五日（1661年5月4日）即迫使普罗民遮城守军出降。五月二日，郑成功改赤崁地方为东都明京，设一府二县，以府为承天府，天兴县、万年县。

@包围热兰遮城

在取得普罗民遮城做为据点之后，郑军随即由海、陆两面围困热兰遮城。遭荷兰大员长官揆一(FrederikCoyett)拒绝其投降要求之后，郑成功一度下令强攻热兰遮城，却遭遇荷军极顽强抵抗，郑军损失惨重。由于强攻不下，加之大军粮食短缺，使得郑成功被迫改变策略，派出大部分的军队至南北各地屯田、征收钱粮，以解大军乏粮的燃眉之急，对热兰遮城改采长期包围的战略。

@击溃荷兰海军

永历十五年七月中旬，停泊于外海的荷兰援军遭遇强风侵袭，被迫离开大员海岸，前往澎湖躲避风雨；其中荷兰军舰Urck号不幸搁浅，船上人员皆遭郑军俘虏。此一变故，使郑军获得整备的暂机，待荷兰军舰于八月回到大员海域时，郑军虽未能调回多数兵力，却已然完成作战的准备。八月中旬，荷、郑两军于台江内海展开激烈海战，郑军大获全胜，击沉一艘荷兰军舰，并夺取船只数艘，自此荷军丧失主动出击的能力。

@荷兰人投降

永历十五年十二月，德籍荷兰士官HansJeuriaenRade叛逃，郑成功在其提供之情报的帮助下，炮轰击毁热兰遮城的乌特勒支碉堡，使热兰遮城之破终成定局。十二月八日（1662年1月28日），荷兰大员长官揆一修书予郑成功，表示同意“和谈”。几经谈判，荷兰人终于永历十五年十二月二十日(1662年2月9日)向郑成功屈服，退出台湾。

@扩展东南亚商业贸易