天启六年正月，努尔哈赤得知孙承宗被罢免，欣喜若狂，立刻率领大军西渡辽河，于一月二十三日抵达宁远，准备攻下这座重镇。

经略高第和总兵杨麟拥重兵于山海关观望，他们都等着看袁崇焕的笑话，因此根本不打算去救援宁远。袁崇焕得知后，随即写下血书，与大将满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可纲等将士盟誓，决心以死守城。

袁崇焕排兵布阵、加强防御工事，打算破釜沉舟、背水一战。努尔哈赤闻讯，知道他此时已被明朝抛弃，觉得正是策反他的大好时机，于是就放回明朝的俘虏，让其劝袁崇焕投降，结果遭到了袁崇焕的断然拒绝。

于是，努尔哈赤举大军进攻宁远城，并让士兵举着盾牌攻凿城墙。袁崇焕以葡萄牙制的红夷大炮击打他们，很快，后金溃不成军，损失惨重，兵退盛京。另一方面，后金军大肆攻略觉华岛，杀死参将金冠及军民数万人，袁崇焕因刚刚竭尽全力保全了宁远，而无力救援觉华。（后来，这也成为后世倒袁派眼中他的一大过失）

宁远保卫战胜利的消息传到北京，明廷举朝欢喜，皇帝立刻升袁崇焕为右佥都御史。经略高第及杨麟则因不发援军而被罢官。

宁远保卫战虽然胜利了，但其中却折射出袁崇焕的几个问题来：

一、服从命令是军人的天职，不论上层命令是否正确，但作为将领，必须服从指挥。这就是军令如山、令行禁止的含义。然而，袁崇焕显然没有做到服从，这种做法很容易导致军令难以执行、军心涣散，最终发展成将领拥兵自重、各自为政、守地割据。这样的结果，显然是统治者所不能接受的。

二、多番与上司顶撞，不顾全大局，在所有防线都已后撤的情况下，仍然固守孤城宁远。其实这一战，就算胜利了，意义也不大，因为从全局来看，高第采取的这种策略，宁远迟早还是会被敌军包围占领的。袁崇焕他这么做，显然是固执的体现，说白了就是为了与上司争一口气、争个长短而战，这种做法其实是极其不理智的。

三、觉华岛与宁远相比，战略意义更大。它位置冲要，是明朝的粮草重地，上有水师驻守，与宁远相互策应，是明军与后金军的必据必争之地。觉华岛激战的爆发，是在努尔哈赤兵败宁远之后，衍化而成的一场残酷征战。袁崇焕为了守宁远而失了觉华岛，实在是得不偿失。由此可以看出，他并不理智，统观全局的能力也并不太强。他是个合格的将才，却并非是帅才！

话虽如此，但当时，朝中可用之将不多，因此，宁远大捷之后，朝廷视袁崇焕为救命稻草，对其千依百顺。于是，他渐渐骄纵起来，愈发看不起镇守辽东的同僚们，觉得他们都是贪生怕死的懦弱鼠辈。

天启六年三月，明廷重设辽东巡抚，由袁崇焕担任，与此同时，魏忠贤派其党羽刘应坤、纪用一同前来镇守。袁崇焕上疏请求将其调离，但遭到了拒绝，明廷又加袁崇焕为兵部右侍郎，子孙世荫锦衣千户。

随着官职的升迁，他愈发刚愎自用，与大将满桂闹起了不和，于是，袁崇焕上疏请求将满桂调往别处，明廷也满足了他的要求。当时的经略王之臣见状，奏书请求留住满桂，袁崇焕获悉后吗，又因此与王之臣闹不和。明廷担心这两个人闹矛盾会影响大事，于是将两人分开，王之臣督关内，袁崇焕守关外。

从这件事中，我们不难看出，袁崇焕并不是一个心胸宽广的人，他比较霸道，对人际关系的处理也比较糟糕，因此在他镇守辽东的那几年，几乎已经把当时边关上的同僚们得罪了个遍。这也就是后来他获罪时，朝中竟无一人为他辩护的一个重要原因。

同年八月，努尔哈赤病死。袁崇焕闻讯疑其中有诈，于是擅作主张，派遣使者前往吊唁，以刺探虚实，皇太极遣使回报。于是在朝廷并不知情的情况下，双方开始通使。

当时，袁崇焕想要争取时间修筑城防，因此决定假意与后金议和，于是自写书信一封，再次派遣使者前往后金。而皇太极此时也有意要用“议和”来为自己争取时间，于是，双方就这样一来二去地拖延了不少时间。他做的这些事，虽然出于战略考虑，但事先都没有向朝廷报备，纯粹是想怎么做就怎么做，这也为他后来受朝廷指责私通后金落下了口实。

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